O ingresso no 3.º ciclo baseia-se num concurso nacional. Isto inclui: uma avaliação de conhecimentos sob a forma de testes escritos; uma avaliação de competências através de exames clínicos objetivos estruturados (OSCE); levando em consideração a formação e os projetos pessoais do aluno. Os alunos então escolhem uma especialidade e um local de prática de acordo com sua classificação.
No final do 6.º ano , os alunos obtêm o DFASM (diploma de formação avançada em ciências médicas), reconhecido ao nível de mestrado.
São 44 especialidades médicas: 13 especialidades cirúrgicas (cirurgia vascular, ginecologia-obstetrícia, etc.); 30 especialidades médicas (psiquiatria, pneumologia, radiologia e imagiologia médica, etc.); biologia médica. Dependendo das especialidades, o número de vagas abertas em cada ano varia muito: por exemplo, em 2023-2024, havia 28 vagas em neurocirurgia, 509 vagas em anestesia-reanimação, 3.645 vagas em pós-graduação em medicina geral, etc.
O 3.º ciclo ou internato médico tem a duração de 4 a 6 anos. Está organizado em três fases:
a fase de fundação (1 ou 2 anos) durante a qual o estagiário adquire as competências básicas específicas ao exercício da sua especialidade;
a fase aprofundada (2 ou 3 anos) onde o estagiário continua a sua formação e começa a preparar a sua tese;
a fase de consolidação (1 ou 2 anos), onde o estagiário adquire o estatuto de médico júnior, o que o coloca em autonomia supervisionado por um superior.